En el verano de 1936, justo al inicio del alzamiento militar, tiene lugar en la Universidad Internacional de Verano de Santander el asesinato de un estudiante de significada filiación izquierdista. Todos los indicios parecen señalar como culpable a otro estudiante afín al levantamiento. Sin embargo, Víctor Blasco, un aplicado y tímido becario, llevado de su inquebrantable amor a la verdad y poniendo en duda la opinión policial, decide investigar por su cuenta sospechando que detrás del crimen se ocultan razones oscuras que van mucho más allá de una desavenencia ideológica. Enamorado sin esperanza de una de las estudiantes, entre el desengaño, la inminencia de la guerra y la posibilidad de un destino fatal, el protagonista de la novela llevará a cabo sus pesquisas que le conducirán, en una especie de viaje iniciático, a los más profundos abismos de su propio ser.
Las vísperas muertas no es solo el relato de un crimen y una trama de espionaje sino que constituye a la vez la crónica del final de un sueño: el último curso de la malograda Universidad de Verano, por el que desfilan algunas de las figuras clave de la cultura, el exilio y el intraexilio españoles, como Blas Cabrera, Pedro Salinas, José Gaos o José Camón Aznar, y el periplo de sus miembros de regreso a la España gubernamental a través de Francia al inicio de la contienda civil, y es ante todo un relato sobre las consecuencias fatales de la duda y lo ilusorio de la búsqueda de una verdad absoluta, una verdad que sólo puede existir en el reino platónico de las ideas; pues, como clarividentemente medita su protagonista, todo aquel que trata de acercarse a la verdad proyecta sobre ella su propia sombra.
